In november 2022 heeft het ministerie van Onderwijs het schoolbestuur gemaand om af te treden na een inspectierapport. Het bleek dat de administratieve organisatie en interne controle niet op orde waren, waardoor het bestuur geen adequaat inzicht had in de uitgaven. Bovendien werd er onrechtmatige verrijking geconstateerd bij bestuursleden van ISA en aan ISA gerelateerde organisaties.

Om de problemen aan te pakken, moest het bestuur voldoen aan negen voorwaarden, waaronder de aanstelling van een nieuwe onafhankelijke directeur-bestuurder, waarbij instemming van de minister vereist was. Deze voorwaarde is niet nagekomen. 'Een besluit tot een financiële sanctie neem ik niet lichtvaardig. Het inhouden van de bekostiging raakt leerlingen en het personeel. Zonder ingrijpen zal de situatie bij het bestuur echter niet verbeteren en dan zijn leerlingen en personeel nog langer de dupe', schrijft de minister over zijn beslissing.