Het conflict draait om stikstof. Veehouderijen stoten via mest en stallen ammoniak uit. Een deel daarvan komt in natuurgebieden terecht. Te veel stikstof kan de bodem veranderen en planten verdringen die juist op voedselarme grond groeien.

Vooral beschermde Natura 2000-gebieden zijn daardoor onderwerp van juridische strijd. Nederland moet voorkomen dat de natuur in deze gebieden achteruitgaat. Provincies spelen daarbij een belangrijke rol. Zij beoordelen onder meer of bedrijven toestemming krijgen voor activiteiten die schadelijk kunnen zijn voor beschermde natuur.

Milieuorganisaties vinden dat overheden onvoldoende ingrijpen bij bestaande veehouderijen. Daarom proberen ze de provincie via officiële verzoeken en rechtszaken tot maatregelen te bewegen.

Extra regels voor kippenstallen
Leefmilieu richt zich in een zaak tegen Overijssel op zogenoemde maatwerkvoorschriften. Dat zijn extra eisen die een overheid in bepaalde gevallen aan één bedrijf kan stellen, boven op de algemene milieuregels.

Een veehouder moet bijvoorbeeld al voldoen aan voorschriften voor de uitstoot van zijn stallen. Met maatwerk kunnen daar, als de wet dat toestaat, aanvullende verplichtingen bij komen. Welke eisen mogelijk zijn en welke overheid daarover beslist, hangt af van de vergunning en de activiteit.

Leefmilieu wil dat Overijssel van deze mogelijkheid gebruikmaakt bij kippenstallen. De rechtbank Overijssel in Zwolle had de zaak op 20 oktober op de zittingslijst staan. Een uitspraakdatum is nog niet bekend.

Opvallend is hoe weinig deze route wordt gebruikt. Volgens de provincie is er tot nu toe slechts één verzoek binnengekomen om een veehouderij via zulke extra voorschriften tot minder stikstofuitstoot te verplichten.

Een vergunning helemaal intrekken
Milieuorganisaties kiezen veel vaker voor een andere aanpak: ze vragen Overijssel om de natuurvergunning van een veehouderij in te trekken.

Zo'n vergunning geeft een bedrijf toestemming voor activiteiten die gevolgen kunnen hebben voor beschermde natuur. Als de provincie die toestemming intrekt, mag de ondernemer de betrokken activiteiten niet zomaar op dezelfde manier voortzetten. Afhankelijk van de situatie kan dat grote gevolgen hebben voor de bedrijfsvoering.

Bij Overijssel liggen momenteel 27 verzoeken om natuurvergunningen in te trekken. Sinds 2023 heeft de provincie zeventien van dergelijke verzoeken afgewezen. Over alle zeventien afwijzingen loopt inmiddels een rechtszaak, meldt Overijssel aan NieuwRechts.

Vier van die procedures zijn aangespannen door Mobilisation for the Environment (MOB). Ze stonden op 20 oktober bij de rechtbank in Zwolle op de rol, op dezelfde ochtend als de zaak van Leefmilieu.

Dat betekent niet dat de betrokken boeren hun vergunningen al kwijt zijn. De rechter moet eerst beoordelen of de provincie de verzoeken terecht heeft afgewezen.

Raad van State gaf milieuclubs gelijk
De juridische strijd kreeg afgelopen zomer een belangrijk vervolg in Drenthe. Daar wilden MOB en Leefmilieu dat de natuurvergunning van een geitenhouderij in Borger werd ingetrokken.

Het bedrijf had in 2019 toestemming gekregen om uit te breiden van 620 volwassen geiten en 250 jonge geiten naar 1.235 volwassen geiten. De vergunde ammoniakuitstoot steeg daarbij van 1.378 naar ruim 2.346 kilogram per jaar. De milieuorganisaties wezen op de gevolgen voor het beschermde natuurgebied Drouwenerzand.

Drenthe weigerde de vergunning in te trekken. De provincie verwees onder meer naar bestaande en geplande maatregelen om de stikstofbelasting te verminderen. Volgens Drenthe was intrekking daarom niet nodig.

De Raad van State ging daar op 24 juni 2026 niet in mee. De provincie had onvoldoende duidelijk gemaakt dat de andere maatregelen de achteruitgang van de natuur op tijd zouden voorkomen. Alleen verwijzen naar een algemene stikstofaanpak was niet genoeg.

De uitspraak betekende niet dat de geitenhouderij onmiddellijk moest sluiten. Drenthe moest opnieuw naar het verzoek kijken en een beter onderbouwd besluit nemen.