Sinds 1 januari 2024 is Loeder Mulder de secretaris-generaal van het ministerie van Onderwijs, Cultuur en Wetenschap. Zij is de opvolger van Marjan Hammermsma, die in opspraak raakte na mogelijke belangenverstrengeling met toenmalig NPO-bestuursvoorzitter Shula Rijxman (D66). Ook Mulder blijkt echter bepaald niet kleurloos. In een interview met ScienceGuide spreekt ze haar onvoorwaardelijke steun uit voor diversiteitsbeleid. Ook vindt ze dat haar collega's zich moeten uitspreken tegen politici als PVV-leider Geert Wilders.

Op LinkedIn schrijft ScienceGuide ter inleiding: 'Tachtig jaar na de bevrijding van Auschwitz moeten ambtenaren opstaan en voorkomen dat er weer zoiets gebeurt, waarschuwt een bezorgde ambtenaar. Secretaris-generaal Loes Mulder (zij/haar) van het Ministerie van Onderwijs, Cultuur en Wetenschap denkt op haar beurt dat Artikel 1 van de Grondwet nog voldoende bescherming biedt. Als de politiek bijvoorbeeld het diversiteitsbeleid op haar ministerie wil afschaffen, dat valt volgens Mulder in de categorie ‘pech gehad’: "we blijven het gewoon doen.”'

Mulder deed haar uitspraken op 29 januari 2025, ter gelegenheid van de tachtigste verjaardag van de bevrijding van Auschwitz. Ze legde hierbij de expliciete link met diversiteitsbeleid. Volgens haar moeten ambtenaren zich proactief inzetten tegen elke vorm van discriminatie om verschikkingen zoals de Holocaust te voorkomen. Ook verklaart zij tegenover ScienceGuide: "Ambtenaren op ministeries moeten opstaan tegen een Wilders, Trump en Musk."

Voormalig hoogleraar en vicepremier Eduard Bomhoff vindt Mulders uitspraken erg zorgelijk. 'Ongelofelijk, maar indien zo, dan ontslag op staande voet', schrijft hij op X. Ook promovendus David de Bruijn spreekt zijn afkeuring uit op X: 'Zo komt Nederland nooit verder— een permanente ambtenarenklasse die denkt een geboorterecht tot beleid te hebben; die simpelweg wéigert veranderende democratische resultaten te erkennen: of het nu in Nederland zelf is, of in de VS, of zometeen in bijna elk Europees land.'