Het Mediacommissariaat spreekt onder meer van 'klokkenluidersissues', waarmee het doelt op de manier waarop een hooggeplaatste medewerker van de NPO, die als klokkenluider diverse misstanden binnen de Publieke Omroep heeft gemeld bij het ministerie van Onderwijs, Cultuur en Wetenschap (OCW), in de kou is gezet door de secretaris-generaal van datzelfde ministerie, Marjan Hammersma.

Daarnaast maakt het Commissariaat zich ook zorgen over conclusies uit het rapport van de NPO-ombudsman Margo Smit.

'De onafhankelijkheid en betrouwbaarheid van de publieke omroep zijn een groot goed. De publieke omroep is van groot belang voor de vrije meningsvorming. Die is nodig voor een goed werkende democratie. Het rapport van de NPO Ombudsman is een belangrijk signaal dat er (met name door Ongehoord Nederland) mogelijk fundamentele normen waar het Commissariaat op basis van de Mediawet toezicht op houdt, niet worden nageleefd. Het Commissariaat staat ervoor dat burgers zich breed, met onafhankelijke en betrouwbare informatie, kunnen oriënteren en een eigen mening kunnen vormen', schrijft het CvdM.

NPO-klokkenluider
Begin juni kwam het  nieuws naar buiten dat een klokkenluider die verschillende misstanden binnen de Publieke Omroep deelde met het ministerie van OCW nul op rekest kreeg. Dat vertelden Ton F. van Dijk en Mark Koster in hun podcast naar aanleiding van gesprekken die ze met dezelfde klokkenluider voerden.

De klokkenluider trok in 2020 aan de bel en werd door Arie Slob, destijds minister van Onderwijs, doorverwezen naar topambtenaar Marjan Hammersma, secretaris-generaal van ministerie van OCW.

Volgens de klokkenluider vonden er binnen de NPO misstanden plaats om dure presentatoren alsnog te kunnen betalen. Op schimmige wijze zouden salarisplafonds ontweken worden. Deze informatie werd gedeeld met Hammersma, maar die had precies op dat moment een persoonlijke relatie met Shula Rijxman, destijds bestuursvoorzitter van de NPO en aanstaand wethouder namens D66 in Amsterdam.
Bovendien was ook Hammersma zelf ruim 15 jaar werkzaam bij de NPO.

Het vervolg laat zich raden: er werd niets gedaan met de informatie van de klokkenluider en tot op de dag van vandaag is er geen vervolg gekomen op het gesprek dat gevoerd werd met Hammersma. Dit ondanks dat die laatste had beloofd erop terug te komen na overleg met minister Slob.